盐城生物工程高等职业技术学校是盐城市人民政府唯一直属的高等职业院校，正处建制，前身为“江苏省盐城农业学校”，创办于1952年，1958年创办“江苏盐城农学院”，1961年江苏省农林厅批复为“盐城农业专科学校”，1975年经江苏省委同意建立“盐城地区五·七农业大学”，1978年经江苏省革委会决定恢复“江苏省盐城农业学校”。2004年4月盐城市人民政府决定盐城南洋职业高级中学整体划归，实行资源整合，经省教育厅批准升格为高等职业学校，更名为“盐城生物工程高等职业技术学校”，同时增挂“江苏联合职业技术学院盐城生物工程分院”校牌。

学校现有亭湖南洋、建湖上冈两个校区，校园面积943亩，建筑面积16.3万平方米，全日制在校生6600余人，教职工520人，专任教师300人（其中有正高级职称9人，副高职称127人，博士、硕士研究生85人）。有“双师型”教师173人，全省领军人才和“333”培养对象5人，全国金牌教练4人，省市名师工作室13个。设有植物工程系、动物工程系、环境与建筑工程系、机电工程系、汽车工程系、信息工程系、经济管理系、本科管理部等七系一部，共29个专业，有五年制高职、专转本、“3+4”分段本科、对口高考和三年制中专等办学类型。学校有果蔬花卉生产技术、汽车运用技术、机电一体化技术、计算机应用技术、农业经济管理5个江苏省品牌专业，有园艺技术、园林技术、蚕桑技术、农业经济管理、机电一体化技术5个江苏联合学院重点专业。建有全省一流的现代农业实训中心、数控技术、机电技术，计算机信息中心、农机实训中心、汽车实训中心、服装制作与设计中心、财会实训中心等108个实验实训室，116个校外实习基地。校园环境优美、绿树成荫、四季如画，教学、生活设施一流，是培养高素质技术技能人才的摇篮。