创办于1993年。1997年通过省重点职业高中验收。1999年通过国家级重点中等职业学校验收，被国家教育部确定为全国首批重点中等职业学校。2004年被教育部重新认定为首批“国家级重点中等职业学校”。在16年的办学历程中，学校还先后获得了“全国职教先进单位”、“江苏省职教先进单位”等荣誉称号。

学校与南京晨光、南京高齿、长安福特、中电光伏、西门子、爱立信、霍尼韦尔、多伦科技等企业建立了长期的学生实习、就业合作关系，实施“订单式培养”，开设“晨光班”、“高齿班”、“霍尼韦尔班”、“多伦科技班”等，相关专业毕业生优先进入上述企业就业。学校还积极探索新的办学模式，开设了“中国--新加坡”班、“3G”特色班、“对口单招重点班”等班级。

2014年9月，江宁区委区政府认真贯彻落实国家关于大力发展职业教育的有关文件精神，正式整合南京江宁中等专业学校（创建于1993年8月，南京江宁职业技术教育中心）、江宁技师学院（创建于1992年，原名江宁技工学校）与区职培中心（电大）（创建于1982年春）三校的职业教育资源，筹建江宁高等职业学校（省联院江宁分院），以举办高职教育的要求进行设计和建设，并把创办五年制高等职业学校作为地方的主要社会发展目标之一。2016年，学校正式增挂“江苏联合职业技术学院江宁分院”；2017年9月，学校正式更名为“南京江宁高等职业技术学校”。